挑戰(zhàn)一 緣于“小規(guī)模、大群體”的現狀
中國蛋雞養(yǎng)殖萬只以下的中小規(guī)模養(yǎng)殖場（戶）約占全國蛋雞總存欄量和全國雞蛋總產量63%左右。研究發(fā)現：農戶擴大養(yǎng)殖規(guī)模的意愿與行為間存在相背離現象，而農戶在養(yǎng)殖過程中面臨的困難是造成其意愿與行為偏離的主要原因，具體包括：蛋雞死淘率、養(yǎng)殖戶年齡、受教育水平、市場銷售渠道、議價能力和廢棄物處理負擔等因素。
研究發(fā)現：影響蛋雞養(yǎng)殖戶實現規(guī)�；囊蛩刂饕屑彝サ酿B(yǎng)殖勞動力比例、養(yǎng)殖勞動力平均年齡、養(yǎng)殖勞動力平均受教育程度、家庭收入結構、養(yǎng)殖用地約束、農戶養(yǎng)殖管理能力和扶持政策等7個因素。從2007年開始，國家大幅度增加資金投入，安排了4.62億元采取“以獎代補”方式對蛋雞標準化規(guī)模養(yǎng)殖場進行扶持。經過“十二五”期間的發(fā)展，我國蛋雞產業(yè)的標準化、規(guī)模化發(fā)展趨勢越來越明顯，蛋雞行業(yè)整合進程也不斷加快。近10年，商品代蛋雞養(yǎng)殖規(guī)�；潭纫延休^大提升。2013年下半年蛋雞體系楊首席組織調查：5000只以上的比例約70%。
最新行業(yè)統計，2015年2000只以下的小規(guī)模養(yǎng)殖戶年存欄量仍占總飼養(yǎng)量30%左右。對市場信息的掌握不夠全面，養(yǎng)殖計劃性較差，存在跟風養(yǎng)殖、盲目進入的現象。對市場風險判斷和應對能力很弱，更易受到產業(yè)周期性波動影響和突發(fā)事件的沖擊。難以抵御短期價格波動帶來的巨大風險，如遇無奈退出，導致無可挽回的損失。
挑戰(zhàn)二 生產成本不斷攀高
1.雞苗成本。雞苗進價在2000～2016年期間年均增長3.5%左右。大規(guī)模蛋雞養(yǎng)殖者比較注重蛋雞雞苗的質量，通常優(yōu)質雞苗的進價要高于普通品種。
2.飼料成本。精飼料費用占蛋雞業(yè)成本比重較大，甚至在小規(guī)模蛋雞中接近75%，精飼料價格增長是導致蛋雞業(yè)成本增加的最主要因素。蛋雞料價格在2000～2016年期間年均增長4.3%左右。
3.人工成本。近年來人工成本也一路上漲，蛋雞企業(yè)普遍反映不僅飼養(yǎng)員難招（2016年人工成本比2010年增長30%左右），更嚴重的是打工旺季花錢也難雇到工。
4.防疫成本。2004～2016年蛋雞養(yǎng)殖醫(yī)療防疫費用年均增長3～4%，與較高醫(yī)療費用不相稱的是逐年增加的死亡損失費，規(guī)模蛋雞死亡損失費也高于同期規(guī)模肉雞，最具挑戰(zhàn)的是沒防住。
挑戰(zhàn)三 雞蛋加工量少、水平有差異
中國的現代雞蛋加工業(yè)起步較晚，統計表明，雞蛋主要以國內鮮蛋消費為主，而雞蛋加工比例低于大型生產加工類企業(yè)較少，且經營規(guī)模很小，區(qū)域間的雞蛋加工能力十分不平衡，與海內外的差距更大，低于日本、美國、歐洲等國家或地區(qū)。
挑戰(zhàn)四 疾病對產業(yè)影響較大
農業(yè)部于2009年啟動了中長期重大動物疾病防控戰(zhàn)略規(guī)劃專題研究，其中就包括對蛋雞相關疾病。蛋雞養(yǎng)殖企業(yè)積極采取措施積極防控蛋雞疾病，尤其是養(yǎng)殖規(guī)模較大、投資金額巨大的蛋雞養(yǎng)殖企業(yè)，如德青源、峪口、神丹、圣迪樂村等企業(yè)均建立了嚴格的疾病監(jiān)測防控系統。由于中國蛋雞產業(yè)“小規(guī)模、大群體”的特征，蛋雞養(yǎng)殖企業(yè)大部分處于FAO界定的較低生物安全生產方式分類。
挑戰(zhàn)五 環(huán)保督查力度不斷加大
中央環(huán)保督查力度大，各地區(qū)環(huán)境考核將放在比GDP增長更重要的位置，各地政府也將更加嚴格、鐵腕治理畜禽污染，重點督查禁養(yǎng)區(qū)、養(yǎng)殖規(guī)模水平低、養(yǎng)殖效率差、糞污處理設施不健全、污染嚴重的養(yǎng)殖場（戶）。
挑戰(zhàn)六 廢棄物處理與利用亟待提升
廢棄物處理與利用始終是困擾產業(yè)發(fā)展的難題；糞便處理仍以自然堆放和直接還田居多。不僅造成資源浪費，而且對養(yǎng)殖和生活環(huán)境造成污染，不利于整個行業(yè)的健康發(fā)展；有機肥見效慢、不能享受肥料補貼，還存在市場價格較高、推廣難度較大、市場接受度較低的問題。
挑戰(zhàn)七 市場風險
雞蛋市場風險的主要表現形式是價格波動風險和農戶收益風險；雞蛋價格波動具有明顯的季節(jié)性和周期性；季節(jié)性循環(huán)規(guī)律為1年，周期性循環(huán)規(guī)律約為36個月。最近幾年周期有提前趨勢。